En la reproducción de los peces encontramos tres patrones generales muy bien definidos, los vivíparos, los ovovivíparos y los ovíparos.
Los Vivíparos son aquellos que "paren" a su cría ya como juveniles completamente formados. El requerimiento del proceso de fertilización interna es una característica de especialización obligada en este grupo. Entre todos los peces que actualmente existen, hay 40 familias con unas 420 especies de los elasmobranquios o peces cartilaginosos que son la mayoría, que poseen esta estrategia vivípara de reproducción, por ejemplo: tiburones, rayas. Los machos de estos grupos poseen una modificación de sus aletas ventrales en forma de órgano copulador, que les sirve para transferir los espermatozoides durante la fertilización interna. En los osteictios o peces óseos encontramos la viviparidad en 13 familias, con aproximadamente 510 especies representadas.
Un caso especial es el Coelacanth (Latimeria chalumnae), una especie que por muchos años se consideró extinta y que recientemente fue descubierta en
Los Ovovivíparos (que también requieren de fertilización interna), son aquellos donde los huevos son retenidos por la madre hasta la eclosión, pero la nutrición del embrión no depende de la madre sino del vitelo del huevo. Esta estrategia reproductiva no es muy común en los peces marinos. Se dice que representantes de la familia Scorpaenidae (rascacios) poseen este tipo de reproducción. La familia Poecilidae (guppies, mollies y platies) tiene representantes tanto de aguas dulces, salobres así como en aguas marinas. En este grupo encontramos que en los machos es la aleta anal "gonopodio" la que se modifica para introducir los espermatozoides en la cavidad ovárica de la hembra.
La gran mayoría de los peces marinos son Ovíparos. En éstos, los huevos son expulsados al medio y la fertilización es externa. Aunque, en raras ocasiones, pueden suceder eventos donde ocurra fertilización interna antes del desove.
Existen dos formas predominantes en que los peces asociados a arrecifes desovan: los desovadóres pelágicos son aquellos donde los huevos son liberados directamente en la columna de agua, dispersándose pasivamente a merced de las corrientes marinas y los "desovadores demersales", que son aquellas especies donde se producen huevos más densos que el agua y que tienen la capacidad de adherirse al fondo. Por lo general, los desovadores demersales producen huevos más grandes, con mayor volumen y contenido nutricional en el vitelo, lo cual permite un desarrollo embrionario más prolongado antes de eclosionar. Las damiselas (familia Pomacentridae) y el peje puerco (Balistidae) forman nidos en substratos del fondo. Los peces voladores (Exocoetidae) fijan sus huevos en objetos flotantes y aunque se encuentren agregados, también se encuentran a merced de los patrones de las corrientes superficiales y de los vientos.
Entre los desovadores demersales encontramos algunas especies que dan cuido parentál o protección a sus huevos hasta su eclosión. Unas de ellas incuban sus huevos sólo por corto tiempo y las larvas al eclosionar muestran poco desarrollo morfológico, muy similar a lo que ocurre en las larvas de los huevos pelágicos. Ejemplos de este tipo son el tamboril (Tetraodontidae) y los peje puercos (Balistidae), que terminan su desarrollo morfológico en la columna de agua como larvas pelágicas. Otras extienden su cuido por más tiempo y sus larvas eclosionan con tamaños mayores y con su morfología bien desarrollada. Un ejemplo de esto lo son las damiselas (Pomacentridae).
Las especies costeras tropicales son flexibles en cuanto a su determinación sexual. Existen numerosas especies que no son gonocorísticas (sexos separados) sino que tienen estrategias hermafroditicas. Algunas presentan "hermafroditismo simultáneo" donde parejas apareándose pueden alternarse como machos o como hembras durante el apareo, incluso durante un mismo día. Pero la mayoría, presentan un hermafroditismo secuencial en el que, durante su proceso de crecimiento, llegan a un punto en que cambian de sexo. Se conoce como "hermafroditismo protándrico" el proceso en el cual aquellas especies son machos en la primera etapa de su vida y luego cambian a hembras. Un grupo muy conocido con este comportamiento son los róbalos (Centropomidae).
Por el contrario, el "hermafroditismo protogénico" ocurre en aquellas especies de peces que inicialmente se comportan como hembras y que en un momento de su vida cambian a machos. Entre este grupo se puede mencionar la cabrilla (Serranidae).
Muchas especies de peces de arrecifes tropicales sincronizan su reproducción realizando migraciones a aguas más profundas o cercanas al borde de las plataformas insulares o continentales, así como a áreas específicas dentro de los mismos arrecifes para desovar. Estas migraciones pueden ser desde escasamente algunos metros hasta varios kilómetros. Algunos migran en grupos, otros en parejas y otros de forma solitaria hasta llegar a las áreas o puntos de agregación para el desove; como por ejemplo: pargos (Lutjanidae) y meros (Serranidae) que migran hacia áreas específicas casi al borde de la plataforma insular. En ocasiones, pueden formar grandes agregaciones que históricamente han estado bajo una alta presión pesquera, tanto por pescadores comerciales como por pescadores deportivos, poniendo en riesgo su persistencia.
Estos permanecen en el sitio por varios días, durante los cuales pueden realizar varios eventos de apareo. Al terminar el proceso reproductivo emprenden el regreso y se dispersan hacia sus respectivas áreas de refugio. Existen varias hipótesis que tratan de explicar los mecanismos que controlan las migraciones de agregación y la forma en cómo reconocen esas áreas particularmente seleccionadas.
Algunos lo explican por medio de aprendizaje que se transmite de generación en generación, otros por información transferida genéticamente y otros por teorías más sofisticadas como son por capacidad de detección sensorial hacia ciertos estímulos aún no conocidos. Lo cierto es que, año tras año, durante los picos reproductivos muchas especies migran en busca de los sitios apropiados para garantizar sus apareamientos.
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